STTII Lombok pada awalnya berdiri disebut STII-Mini, kemudian menjadi Akademi Teologi Injili Indonesia (ATII- Lombok).  Lembaga ini didirikan sebagai upaya pelaksanaan Visi 1:1:1 yang dicetuskan oleh hamba-Nya Pdt. Dr. Chris Marantika (Almarhum).

Berdirinya STTII-Lombok secara strategis diperlukan dalam pelaksanaan Visi 1:1:1 di berbagai daerah, khususnya di tengah masyarakat Sasak di Nusa Tenggara Barat sebagai wilayah UPG (Unreach People Group).  maka pada bulan September 1991 memberikan tugas untuk melakukan perinstisan. Kehadiran STTII Lombok disambut hangat oleh gereja-gereja yang ada di Lombok, serta didukung oleh Pembimas Kristen Departemen Agama Prov. Nusa Tenggara Barat yang memberikan rekomendasi pada tanggal 28 September 1991 dengan no. W.x/5/PP.00.9/2501/1991 menjadi spirit tersendiri STII Lombok dapat dimulai.

Dengan Iman dan doa, maka pada tanggal 7 Januari 1992, STII Cabang Lombok resmi dibuka melalui ibadah pembukaan yang mengambil tempat di gedung aula serba guna Gereja Katolik Imakulata Mataram, dan dihadiri oleh hamba-hamba Tuhan sekota Mataram dan sekitarnya dan beberapa anggota gereja dari berbagai denominasi yang ada di kota Mataram.  Ibadah pembukaan STII Cabang Mataram resmi dibuka oleh Pdt. Dr. Chris Marantika, Th.D,  Ketua Yayasan Iman Indonesia dan Drs. Nyoman Lastra selaku Pembimas Kristen Dep. Agama Prov. NTB.

Kegiatan perkuliahan mengambil tempat di Jln. Tumpang sari 43 Negarasakah Cakranegara, rumah milik Pdt. I Dewa Gede Rena dengan status kontrak sampai dengan tahun 1995 dengan jumlah mahasiswa kelas perdana 22 orang. Pada tahun2003 STII Lombok membeli sebuah rumah yang beralamat di Jl. Alas IV No. 9 Taman Sari, Kelurahan Taman Kapitan, Ampenan, Nusa Tenggara Barat dengan cara mencicil. Setelah proses pembelian, maka seluruh kegiatan perkuliahan di tempat yang baru ini sampai saat ini.